饮水机内发现小蟑螂、蚊子、蚂蚁等小虫子的事时有发生。这些小虫子都是通过饮水机进气管进入桶内的。这是因为桶装水一经开启使用，就与空气接触，用掉多少水，就会有等量的空气进入桶内。由于许多饮水机的进气通道不加任何过滤装置，所以，一些小虫就能随空气管道进入水桶，从而造成饮用水的二次污染。

小虫子钻进饮用水桶内，还是能发现和看见的，而肉眼看不见的细菌污染则更令人担忧。不定期清洗，后果将是很严重的。若在夏天，饮水机清洗则更不能忽视，即便在清洁的环境里，每立方米的空气中也约有4000个细菌。由于桶装饮用水中不含任何杀菌成分，对细菌和微生物没有任何抑制能力，因此，一旦细菌进入水桶便会迅速繁殖。在目前尚无国家统一标准的条件下，只有定期清洗才是防止饮水机二次污染的有效举措。

为了保证饮水健康，必须定期清洗饮水机。目前市场上清洗饮水机的方法主要分为药片清洗、消毒剂清洗、臭氧清洗和加压过滤清洗等几种。
药片、消毒剂清洗法清洗饮水机内胆所采用的比较普遍的方法是用去污泡腾片或专用消毒剂。据了解，去污泡腾片这种含氯的药片经水分解后，可以有效杀灭大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、白色念珠菌等病菌。具体的清洗过程是：先打开饮水机后面的排污管，并打开所有开关以排空所有的剩水，将1片去污泡腾片溶解在2升左右的清水里制成消毒液，可以用一小部分消毒液擦洗饮水机的各部位，其余的灌入胆内，过15－20分钟后，再打开饮水机的开关和排污管，排尽消毒液，用7－8升的清水多次冲洗内胆就可以了。

消毒剂清洗则是在按照产品说明进行勾兑后，参照药片清洗的步骤，就可以完成消毒过程。

臭氧杀菌法一些品牌的纯净水、蒸馏水直销点配备了臭氧消毒机，提供上门清洗服务。据介绍，这一消毒方法是利用臭氧的杀菌作用来达到清洗饮水机的目的，在清洗时，排空机内剩水后，将消毒机的接口和饮水机的入水口对接上，将臭氧注入饮水机内胆，经过大约20分钟后的熏蒸，装上水桶后放出少量的水。由于臭氧在常温下的半衰期为20－50分钟，几个小时内可以全部分解，氧化生成为无害的氧气、水和二氧化碳，在经过臭氧杀菌清洗后，一两个小时就可以喝到放心的水了。但要注意的是，这种清洗方法不能清除掉水垢等杂质。

加压过滤法目前市场上还出现了另外一种采用加压过滤方法的专业饮水机清洗机械。在清洗时，将清洗机的一端接到饮水机的入水口，另一端接入饮水机下部的排水口，形成一个闭环循环，同时采用专用消毒清洗剂。该方法利用清洗机械自身的循环压力，可以充分达到清洗的目的，然后通过机械压力可以将水垢和杂质完全排出。